지식재산행정3심파기환송

경정거부처분취소

대법원 · 2019두50946 · 선고 2022.02.10

판결 요지

1구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제1항, 제4항 제3호는 ‘법인세법 제93조 제8호 등에 해당하는 국내원천소득이 있는 원천징수대상자는 원천징수의무자가 원천징수한 법인세를 납부하고 그에 따른 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있다.’고 정한다. 그런데 원천징수의무자는 특별한 사정이 없는 한 실질과세의 원칙에 따라 국내원천소득의 실질귀속자를 기준으로 해당 소득에 대한 법인세를 원천징수할 의무가 있으므로, 소득의 실질귀속자는 구 국세기본법 제45조의2 제1항, 제4항 제3호에 따라 과세표준과 세액의 경정을 청구할 수 있다고 보아야 한다.
2구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것) 제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 않은 경우라도 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정한다. 그러나 구 국제조세조정에 관한 법률(2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것) 제28조는 "비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다."라고 정한다. 따라서 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 않은 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 ‘대한민국과 미합중국 간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약’(이하 ‘한미조세협약’이라 한다)에 따라 판단해야 한다. 이 문제에 대한 한미조세협약에 관한 판례는 다음과 같다. 한미조세조약의 문맥과 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입하거나 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역에서만 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 사용의 대가를 지급한다는 것을 상정할 수 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 않은 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다.
3경정거부처분 취소소송의 소송물은 정당한 세액의 객관적 존부이다. 과세관청으로서는 소송 도중이라도 사실심 변론종결 시까지는 해당 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위에서 그 사유를 교환·변경할 수 있고, 반드시 처분 당시의 자료만으로 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 당초의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다.

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본문 (비실명 발췌)

【원고, 상고인】 마이크로소프트 코포레이션(Microsoft Corporation) (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 강석훈 외 5인) 【원고, 피상고인】 마이크로소프트 라이센싱 지피(Microsoft Licensing GP) (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 강석훈 외 5인) 【피고, 상고인 겸 피상고인】 동수원세무서장 (소송대리인 법무법인 한누리 외 2인) 【원심판결】 수원고법 2019. 7. 24. 선고 2019누10395 판결 【주 문】 원심판결을 파기하고, 사건을 수원고등법원에 환송한다. 【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서들은 이를 보충하는 범위에서)를 판단한다. 1. 사안 개요 가. …

적용·참조 조문 / 쟁점

[1] 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항제4항 제3호(현행 제45조의2 제5항 참조)[2] 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1항 제2호(현행 제3조 제1항 제2호 참조)제5항(현행 제3조 제4항 참조)제93조 제8호제98조 제1항구 국제조세조정에 관한 법률(2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것) 제28조(현행 삭제)대한민국과 미합중국 간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약 제6조 제3항제14조 제4항[3] 행정소송법 제19조제27조[행정소송재판일반]구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제45조의2

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