부동산행정1심인용

법인세부과처분취소소송

서울행법 · 2019구합64068 · 선고 2020.09.11

판결 요지

1덴마크 법인 甲 회사의 주식 전부를 취득하는 방법으로 乙 그룹을 인수한 丙 그룹은 甲 회사 산하에 있던 乙 그룹 계열회사들을 丙 그룹 계열회사와 통합하고자 하였고, 이에 丙 그룹 계열회사들이 모든 주식을 보유한 내국법인 丁 주식회사가 甲 회사로부터 甲 회사의 100% 자회사였던 내국법인 戊 주식회사 주식 전부를 취득한 후 戊 회사를 흡수합병하는 이른바 ‘주식양수도 후 합병’의 방법을 통하여 戊 회사 주식에 관한 매매계약 체결 및 명의개서를 완료한 후 甲 회사가 얻은 양도차익에 대하여 개별 조세조약에 따라 비과세 신청을 하였고, 이어서 戊 회사와 합병계약을 체결하고 甲 회사에 위 매매대금을 지급한 후 戊 회사와 합병등기를 마쳤는데, 丁 회사에 대한 2012 사업연도 법인세 통합조사를 실시한 관할 지방국세청장이 甲 회사가 받은 매매대금은 실질적으로 합병의 대가로서 그 양도차익은 국세기본법 제14조 제3항, 구 법인세법(2013.
21.
31.
4법률 제11607호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제93조 제2호, 제98조 제1항, 소득세법 제17조 제2항 제4호의 의제배당소득에 해당한다는 내용의 과세자료를 관할세무서장에게 통보하자, 관할세무서장이 丁 회사에 대하여 법인(원천)세 부과 처분을 한 사안이다. 丙 그룹 계열회사는 乙 그룹 계열회사들을 통합함에 있어 각 국가에 맞는 방식을 채택하여 왔고, 丁 회사와 戊 회사의 통합 과정에도 사업상 합리적이고 적절한 통합방식을 모색하기 위한 丙 그룹 내부 정책이 적용되었는데, 합병 검토 과정에서 적격합병의 효과를 누리면서도 배당금 익금불산입 혜택을 유지할 수 있는 ‘주식양수도 후 합병’이 가장 좋은 방안으로 제시된 점, 구 법인세법 제44조 제3항, 제44조의3 제5항은 완전모회사가 된 후 합병하는 경우 적격합병에 따른 과세특례를 인정하고, 상법에서도 합병을 추진하는 과정에서 합병법인이 피합병법인의 주식 취득을 금지하는 규정을 두고 있지 아니하는바, 戊 회사를 통합하는 과정에서 조세 부담을 합리적으로 최소화하기 위한 방안을 검토하였을 丁 회사가 ‘주식양수도 후 합병’을 통하여 과세특례를 적용받은 데에 조세회피의 의도가 있다고 보아 합병의 실질이 교부금 합병이라고 단정하기는 어려운 점, ‘주식양수도 후 합병’ 방식을 취하는 경우 피합병법인은 원칙적으로 합병대가에 대한 의제배당소득 대신 주식양도 당시에 실현된 손익에 대하여 조세납부의무를 부담하는데, 개별 조세조약에 따라 주식양도 손익에 대하여 조세납부의무를 부담하지 않고, 피합병법인이 거주자로 있는 상대방 국가에서도 납세의무가 면제되는 과세공백이 발생할 가능성이 있다 하더라도, 이는 조약의 개정이나 상대방 국가의 국내 입법으로 해결되어야 할 문제이고, 丁 회사와 戊 회사가 특수관계인에 해당하더라도 이를 이유로 丁 회사가 조세를 회피할 목적으로 비정상적ㆍ비합리적 거래를 하였다고 단정할 수 없는 점, 丙 그룹은 乙 그룹을 인수하면서 甲 회사의 자회사들을 丙 그룹 계열회사들의 지배하에 두고자 하였으며, 丁 회사와 甲 회사는 丙 그룹의 계열회사로서 주식 매매계약 및 합병계약 모두 丙 그룹의 위와 같은 의사하에 이루어진 사정 등에 비추어 위 매매가 비정상적 또는 비합리적이었다고 단정하기 어려운 점 등을 종합하면, 丁 회사가 채택한 ‘주식양수도 후 합병’은 합병을 전제로 주식을 양수도하는 방식으로서 일련의 거래가 예정되어 있는 것으로 보이기는 하나, 이를 丁 회사가 조세부담을 회피할 목적으로 독자적 의미를 부여하기 어려운 중간행위의 외관을 취한 것에 불과하다고 단정할 수 없으므로 丁 회사가 채택한 법률관계는 존중되어야 하고, 결국 위 처분은 위법하다고 한 사례이다.

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판결(법리·결론)에 대한 의견이며, 재판부 개인에 대한 평가가 아닙니다.

결과 인용|소송비용 피고 부담

본문 (비실명 발췌)

【원 고】 한국알파라발 주식회사 (소송대리인 변호사 김해마중 외 1인) 【피 고】 남대문세무서장 (소송대리인 법무법인 위즈 담당변호사 서정호 외 2인) 【변론종결】2020. 5. 20. 【주 문】 1. 피고가 2017. 2. 1. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 4,143,232,500원(가산세 포함)의 징수처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청구취지】주문과 같다. 【이 유】1. 처분의 경위 가. …

적용·참조 조문 / 쟁점

국세기본법 제14조 제3항구 법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것) 제93조 제2호[현행 제93조 제2호 (나)목 참조]제98조 제1항(현행 제98조 제2호 참조)소득세법 제17조 제2항 제4호

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