행정행정3심파기환송

법인세경정청구거부처분취소

대법원 · 2021두55203 · 선고 2024.12.24

판결 요지

1[1] 구 조세특례제한법(2014. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다) 제10조 제1항 제3호 (가)목에 따른 연구개발비 세액공제(이하 ‘연구개발비 세액공제’라 한다) 관련 규정인 구 조특법 제9조 제2항 제1호, 제5항, 구 조세특례제한법 시행령(2016.
25. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 [별표 6] 제1호, 구 조세특례제한법 시행규칙(2015. 13. 기획재정부령 제478호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 제1호, 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016.
322. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 기초연구법 시행령’이라 한다) 제2조 제5호, 제6호, 제16조 제1항, 제2항, 제7항, 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙(2016. 23. 미래창조과학부령 제81호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3항의 문언과 체계, 즉 구 조특법은 위탁연구개발의 경우 과학기술 분야의 연구개발용역 등을 전담부서 등 위탁적격기관에 위탁한 때에 한하여 그 연구개발에 따른 비용을 연구개발비 세액공제의 적용대상인 적격 연구개발비로 인정하는데, 연구개발을 위한 전담부서 등의 인정기준은 구 기초연구법 시행령에서 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ‘연구개발’의 의미는 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호에서 정한 ‘연구개발활동’의 의미와 연계하여 이해할 필요가 있다. 종래 조세특례제한법은 연구개발비 세액공제에 관하여 규정하면서도 연구개발의 의미에 관하여 별도의 정의규정을 두지 않다가,
412. 법률 제9272호로 개정되면서 연구개발에 관한 정의규정인 제9조 제5항을 신설하였는데, 당시 개정이유는 연구개발의 정의 및 연구개발비 세액공제의 적용대상 비용의 범위를 국제적인 기준, 즉 OECD의 연구개발조사를 위한 표준지침인 프라스카티 매뉴얼(Frascati Manual)의 연구개발 개념에 맞게 정비하기 위한 것이었고, 프라스카티 매뉴얼에서 정한 연구개발의 정의가 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호의 내용과 매우 유사한 점도 이를 뒷받침한다. 따라서 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’이란 ‘과학기술 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계·제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정’을 의미한다고 보아야 한다. 구 조특법이나 구 기초연구법 시행령은 ‘과학기술’에 관하여 별도의 정의규정을 두고 있지 않으므로, 원칙적으로 사전적인 정의 등 일반적으로 받아들여지는 의미를 존중하여야 한다. ‘과학’ 및 ‘기술’의 사전적 의미와 앞서 본 관련 규정의 내용 등을 종합하여 보면, 구 조특법 제9조 제5항 및 구 기초연구법 시행령 제2조 제5호에서 정한 ‘과학기술’이란 ‘자연과학 및 이를 실제로 적용하여 사물을 인간 생활에 유용하도록 가공하는 수단’을 의미한다고 보아야 한다. 연구개발은 그 속성상 기업의 수익 발생과 곧바로 이어지지 않는 경우가 많고 시행착오나 실패의 위험이 따르므로 결과의 불확실성이 내재되어 있다. 기업의 연구개발에 소요된 비용을 손금에 산입하는 것에서 더 나아가 구 조특법에서 연구개발비 세액공제 제도를 둔 것은, 연구개발의 불확실성에 따른 시행착오나 실패로 인하여 기업이 부담하게 되는 손실에 대하여 세제 지원이라는 안전장치 또는 보상책을 마련함으로써 연구개발에 대한 기업의 투자를 독려하고, 국민경제의 건전한 발전에 이바지함을 목적으로 한다. 따라서 연구개발, 그중 과학기술활동에 해당하기 위해서는 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하기 위한 활동이어야 한다. 결과의 불확실성은 연구개발활동 자체에 내재된 속성이므로 위탁연구개발의 경우 위탁자뿐만 아니라 연구개발활동을 실제로 수행하는 수탁자의 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 연구개발로 인정될 수

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본문 (비실명 발췌)

【원고, 상고인 겸 피상고인】 ○○금융지주 주식회사 (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 김동수 외 5인) 【피고, 피상고인 겸 상고인】 남대문세무서장 (소송대리인 정부법무공단 담당변호사 김재방 외 1인) 【원심판결】 서울고법 2021. 9. 30. 선고 2020누42370 판결 【주 문】 원심판결 중 피고 패소 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다. 원고의 상고를 기각한다. 【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 각 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다. 1. 사안의 개요 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. 가. …

적용·참조 조문 / 쟁점

[1] 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 제1호(현행 제10조 제1항 참조)제5항(현행 제2조 제1항 제11호제12호 참조)제10조 제1항 제3호 (가)목구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 [별표 6](현행 제9조 제1항 [별표 6] 참조)구 조세특례제한법 시행규칙(2015. 3. 13. 기획재정부령 제478호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 제1호구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5호제6호제16조 제1항(현행 제16조의2 제1항 참조)제2항(현행 제16조의2 제2항 참조)제7항(현행 제16조의2 제3항 참조)구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙(2016. 9. 23. 미래창조과학부령 제81호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3항[2] 구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것) 제9조 제5항(현행 제2조 제1항 제11호제12호 참조)제10조 제1항 제3호 (가)목구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2016. 9. 22. 대통령령 제27506호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5호

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