행정행정3심파기환송

부가가치세부과처분취소

대법원 · 2017두55329 · 선고 2018.01.25

판결 요지

1과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 매입세액이 오로지 비과세사업과 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없으며, 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액이 있다면 원칙적으로 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 공통매입세액 안분에 관한 부가가치세법 시행령 규정을 유추 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다. 다만 해당 사업자가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 관하여 거래상대방으로부터 별도의 공급대가를 지급받는 경우가 아니라 국가나 지방자치단체로부터 국고보조금 등을 지급받은 경우로서 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없는 경우라면 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하여 계산하도록 한 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항의 규정을 유추 적용할 수는 없다. 따라서 이러한 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 각호의 방법 등 다른 합리적인 안분계산방법들 중에서 공통매입세액의 안분계산에 적합한 것을 적용하여 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려내야 한다.
2구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항 제4호는 부가가치세의 과세표준에 포함하지 아니하는 것의 하나로 국고보조금을 들고 있는데, 이는 재화 또는 용역을 공급함으로써 부가가치세 납세의무를 지는 사업자가 국고보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공급하고 국고보조금을 지급받은 경우에는 당해 사업자의 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 상당액을 포함시키지 않는다는 것을 의미한다.
3철도 여객운송 사업을 영위하는 甲 공사가 구 철도산업발전기본법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것)에 따라 국토해양부장관과 ‘2008년도 공익서비스비용 보상계약’을 체결하고, 이에 따라 노인에 대한 철도운임 감면 등의 공익서비스를 제공하고 국토해양부장관으로부터 공익서비스 제공비용 보상액(이하 ‘보상액’이라 한다)을 지급받은 후 부가가치세를 신고하였는데, 과세관청들이 甲 공사에 대하여 보상액은 甲 공사가 철도이용객에게 제공하는 서비스에 대한 비용을 국가가 대신 부담한 것으로서 부가가치세법상 비과세대상에 해당한다고 보아 공통매입세액을 안분계산하여 이를 반영한 부가가치세를 경정·고지하는 처분을 한 사안에서, 위와 같은 용역을 공급받는 상대방은 위 공익서비스를 직접 제공받은 철도이용자로 보아야 하고, 나아가 보상액은 철도이용자에 대한 용역의 공급으로 인하여 발생하는 비용을 보상받기 위하여 공익서비스 수행자인 甲 공사가 위 보상계약에 따라 국가로부터 지급받은 것이어서, 용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부된 시설·운영자금에 해당하므로, 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항 제4호에 따라 부가가치세 과세표준에서 제외되는 국고보조금에 해당하여 보상액을 기초로 공통매입세액 안분계산에 관한 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항을 적용 또는 유추 적용할 수 없는데도, 이와 달리 본 원심판단에 법리를 오해한 잘못이 있다고 한 사례.

이 판결의 결론에 동의하시나요?

판결(법리·결론)에 대한 의견이며, 재판부 개인에 대한 평가가 아닙니다.

본문 (비실명 발췌)

【원고, 상고인】 한국철도공사 (소송대리인 법무법인(유한) 태평양 외 1인) 【피고, 피상고인】 영등포세무서장 외 14인 (소송대리인 법무법인(유한) 대륙아주 담당변호사 남영찬 외 3인) 【원심판결】 서울고법 2017. 6. 27. 선고 2017누35211 판결 【주 문】 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다. 【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다. 1. …

적용·참조 조문 / 쟁점

[1] 구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항(현행 제81조 제1항 참조)제4항(현행 제81조 제4항 참조)[2] 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항 제4호(현행 제29조 제5항 제4호 참조)[3] 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제13조 제2항 제4호(현행 제29조 제5항 제4호 참조)구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항(현행 제81조 제1항 참조)

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