부동산행정3심파기환송

법인세부과처분취소[구 국제조세조정에 관한 법률에 따른 정상가격 과세조정 시 거래순이익률방법에 의한 정상가격 산출의 합리성이 문제된 사건]

대법원 · 2024두54065 · 선고 2025.10.16

판결 요지

1거래순이익률방법은 매출원가 및 판매비와 일반관리비 등 영업비용이 반영된 순이익률지표 또는 영업이익률에 기초하여 정상가격을 산출하는 것이므로, 다른 정상가격 산출방법 중 거래가격에 기초하는 ‘비교가능 제3자 가격방법’이나 매출총이익률에 기초하는 ‘재판매가격방법’ 또는 ‘원가가산방법’과 달리 상품의 차이나 거래단계 등 사업활동의 기능상 차이 등에 의한 영향이 적다. 다만 국외특수관계자거래와 비교대상거래 사이에 상품이나 거래단계의 차이가 현저하여 양자가 본질적으로 다르고, 그로 인하여 거래에 수반되는 위험이나 사용되는 자산 등 다른 비교 가능성 분석요소의 차이를 야기하며, 나아가 그러한 차이가 영업이익률에 중대한 영향을 미친다면, 그 비교대상거래는 합리적인 차이 조정이 이루어지지 아니하는 한 비교 가능성이 높다고 할 수 없어 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래라고 할 수 없으므로, 그러한 비교대상거래를 기초로 거래순이익률방법에 따라 산출한 가격은 적법한 정상가격이라고 할 수 없다.
2거래순이익률방법을 적용하여 정상가격을 산출하는 경우, 과세관청이 당해 거래의 조건과 상황이 유사한 거래를 행하는 비교대상업체를 선정하고 최선의 노력으로 확보한 자료에 기하여 합리적으로 정상가격을 산출하였다면, 특별한 사정이 없는 한 거래품목이나 비교대상업체와의 거래단계 등 차이에 따른 별도의 조정을 하지 아니하였다는 이유만으로 그와 같이 산출한 정상가격이 틀렸다고 단정할 수는 없다.
3甲 주식회사가 모회사인 다국적 기업의 그룹에 속한 국외특수관계인들로부터 의료장비를 수입하여 국내 시장에 판매하였는데, 甲 회사가 이를 정상가격보다 고가로 매입하였다고 보아 관할 세무서장이 익금산입 조정하여 법인세를 경정·고지한 사안에서, 甲 회사의 유지보수서비스업 매출은 대부분 유지보수서비스 용역 자체가 아니라 부품 판매에서 발생하였고, 유지보수서비스 용역을 제공하는 과정에서도 의료장비 제조사로부터 제공받은 기술적 정보 자체보다 유지보수 업무를 수행하는 엔지니어의 기술 및 숙련도가 더 중요하였는데 대부분의 의료장비 고장은 국내 엔지니어들에 의해 해결되는 등 ‘유지보수서비스 지원 거래’라는 것이 국내에서의 유지보수서비스업과 관련된 다국적기업 차원의 기본적 제도 및 정책에 불과한 점, 甲 회사와 국외특수관계인들은 의료장비 및 부품 공급 거래를 할 때와 달리 ‘유지보수서비스 지원’에 관해서는 계약서를 따로 작성하지 않은 점 등을 종합하면, 甲 회사와 국외특수관계인들 사이에 의료장비 공급 거래와 별도로 독립적인 ‘유지보수서비스 지원 거래’가 존재하였다고 보기 어렵고, 관할 세무서장이 비교대상업체를 선정하기에 앞서 ‘유지보수서비스 지원 거래’를 조정 대상 국제거래로 특정하고 비교 가능성을 평가하는 과정을 반드시 거쳤어야 한다고 볼 수 없으므로, 관할 세무서장이 해외 제조 의료기기 등의 국내 독점 판매권한을 보유하고 있는 기업들로서 장비 판매 후 유상 유지보수서비스 사업을 통해 추가 수익을 창출하는 업체들을 비교대상업체로 선정하였다면 이는 甲 회사와 비슷한 거래를 행하는 비교대상업체를 선정하고 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 정상가격을 산출하였다고 볼 여지가 충분하다는 이유로, 이와 달리 본 원심판단에 구 국제조세조정에 관한 법률(2017. 12. 19. 법률 제15221호로 개정되기 전의 것)상 거래순이익률방법에 따른 정상가격의 산출 등에 관한 법리오해 등의 잘못이 있다고 한 사례.

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판결(법리·결론)에 대한 의견이며, 재판부 개인에 대한 평가가 아닙니다.

본문 (비실명 발췌)

【원고, 피상고인】 주식회사 ○○○코리아 (소송대리인 변호사 정병문 외 2인) 【피고, 상고인】 남대문세무서장 (소송대리인 법무법인 제연 담당변호사 안수영 외 1인) 【원심판결】 서울고법 2024. 8. 21. 선고 2022누55844 판결 【주 문】 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다. 【이 유】 상고이유를 판단한다. 1. 사안의 개요 원심판결 이유와 기록에 의하면 다음 사실을 알 수 있다. 가. △△△는 1891년 설립된 네덜란드의 다국적 전자제품 생산 기업으로, 전 세계 100여 개 국가에서 사업활동을 하고 있다(이하 이들을 통칭하여 ‘○○○ 그룹’이라 한다). 원고는 1976. 1. 5. …

적용·참조 조문 / 쟁점

[1] 구 국제조세조정에 관한 법률(2017. 12. 19. 법률 제15221호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항(현행 제7조 제1항제2항 참조)제5조(현행 제8조 참조)구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29525호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항 제1호(현행 제14조 제1항 제1호 참조)제2항(현행 제14조 제2항 참조)[2] 구 국제조세조정에 관한 법률(2017. 12. 19. 법률 제15221호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항(현행 제7조 제1항제2항 참조)제5조(현행 제8조 참조)구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29525호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항 제1호(현행 제14조 제1항 제1호 참조)제2항(현행 제14조 제2항 참조)[3] 구 국제조세조정에 관한 법률(2017. 12. 19. 법률 제15221호로 개정되기 전의 것) 제4조 제1항(현행 제7조 제1항제2항 참조)제5조(현행 제8조 참조)구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29525호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항 제1호(현행 제14조 제1항 제1호 참조)제2항(현행 제14조 제2항 참조)

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