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행정행정3심파기환송

법인세경정청구거부처분취소

대법원 · 2021두56299 · 선고 2025.01.09

판결 요지

  1. 1구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 ‘연구개발’ 및 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’의 의미 / 구 조세특례제한법 제9조 제5항 및 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제2조 제5호에서 정한 ‘과학기술’의 의미 / 구 조세특례제한법에서 연구개발비 세액공제 제도를 둔 취지 및 과학기술활동에 해당하기 위한 요건
  2. 2금융지주회사인 甲 주식회사가 乙 주식회사를 연결자법인으로 하는 연결납세방식을 적용하여 법인세를 신고하여 왔는데, 관할 세무서장에게 乙 회사가 차세대 전산시스템의 개발을 수탁업체에 위탁하고 지급한 개발비용이 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 (가)목에 따른 연구·인력개발비 세액공제의 적용대상에 해당한다고 주장하며 법인세의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 관할 세무서장이 이를 거부한 사안에서, 위 전산시스템의 위탁개발이 구 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하는 경우에 한하여 연구개발비 세액공제를 적용받을 수 있으나, 이에 해당하지 않는다고 한 사례

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본문 (비실명 발췌)

【원고, 피상고인】 주식회사 ○○○ (소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 강석훈 외 6인) 【피고, 상고인】 남대문세무서장 (소송대리인 법무법인(유한) 서평 담당변호사 조인호) 【원심판결】 서울고법 2021. 9. 30. 선고 2020누42974 판결 【주 문】 원심판결을 파기하고, 사건을 서울고등법원에 환송한다. 【이 유】 상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 서면의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다. 1. 사안의 개요 가. 금융지주회사인 원고는 △△△ 주식회사(이하 ‘소외 회사’라고 한다)를 연결자법인으로 하는 연결납세방식을 적용하여 법인세를 신고하여 왔다. 나. 카드·금융업을 영위하는 소외 회사는 2011. 2.경부터 2012.

적용·참조 조문 / 쟁점

[1] 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제9조 제2항 제1호(현행 제10조 제1항제5항 참조)제5항(현행 제2조 제1항 제11호제12호 참조)제10조 제1항 제3호 (가)목구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항 [별표 6](현행 제9조 제1항 [별표 6] 참조)구 조세특례제한법 시행규칙(2013. 3. 23. 기획재정부령 제342호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 제1호구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2013. 3. 23. 대통령령 제24423호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5호제6호제16조 제1항(현행 제16조의2 제1항 참조)제2항(현행 제16조의2 제2항 참조)제7항(현행 제16조의2 제3항 참조)구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행규칙(2013. 3. 24. 미래창조과학부령 제1호로 개정되기 전의 것) 제2조 제3항[2] 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제9조 제5항(현행 제2조 제1항 제11호제12호 참조)제10조 제1항 제3호 (가)목구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2013. 3. 23. 대통령령 제24423호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5호

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